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Il primo libro de madrigali a sei voci Novamente composto & dato in luce. / Venetia, Gardano, 1579
RISM A/I; F 0211.;
RISM B/I; 1579–05. (Contains works by Felis, Ridolfo Romano, G.F. Violanta.) •
Il quarto libro de madrigali a cinque voci con alcuni a sei, & uno echo a otto nel fine, novamente composti, & dati in luce. / Venetia, Vincenzi & Amadino, 1585. RISM A/I; F 0212.; RISM B/I; 1585–23. (Contains works by Felis, G. de Macque, P. Nenna.) •
Di Stefano Felis ... Il Sesto Libro de Madrigali a Cinque voci, con alcuni a Sei, et un dialogo a Sette nel fine, etc. Canto. (Alto.) (Tenore.) (Basso.) (Quinto.). / Venetia : Appresso l'Herede di G. Scotto. Ad istanzia de Scipione Rizzo, 1591. OCLC: 498809433 (This work also contains madrigals by F. di Monte, R. Rodio, S. Dentice and M. Affrem.) •
Libro nono di madrigali a cinque voci novamente composti, et dati in luce. / Venetia, Vincenti, 1602. RISM A/I; F 0214.; RISM B/I; 1602–05. (Contains works by Felis, G.B. Vannelli.) •
Harmonia celeste ... nelle quale si contene una scielta dei migliori madrigali che hoggidì si cantino / Antwerp, 1583. •
Liber secundus motectorum quinis senis octonisque vocibus / Venetijs, Gardanum, 1585. RISM A/I; F 0206; RISM B/I; 1585-02 (Contains works by Felis, C. Gesualdo, R. Rocco) •
Mottettorum cum quinque vocibus, liber tertius / Venetiis, Scoti, 1591. RISM A/I; F 0208; RISM B/I; 1591-02 (Contains works by Felis, S. Dentice, P. de Monte) •
Liber quartus motectorum, quæ quinis, senis, ac octonis, concinuntur vocibus nunc primum impressus / Venetiis, Vincentium, 1596. RISM A/I; F 0209; RISM B/I; 1596-04 (Contains works by S. Felis and G.B. Vanelli.) •
Musica Transalpina. Madrigales translated of foure, five, and sixe parts, chosen out of divers excellent Authors / Imprinted at London by Thomas East, the assigne of William Byrd, 1588. (Two works of Felis are here, with texts in English and Italian) •
Stephani Felis regalis ecclesiæ S. Nicolai bariensis canonici liber quartus motectorum quæ quinis, senis, ac octonis, concinuntur vocibus, nunc primum impressus. / Venetiis : Vincentium, 1596. RISM A/I; F 0209; RISM B/I; 1596-04 (Contains works by S. Felis and G.B. Vanelli.) •
Sacrarum symphoniarum continuatio diversorum excellentissimorum authorum quaternis, V. VI. VII. VIII. X. & XII. vocibus tàm vivis, quam instrumentalibus accommodata. / Noribergæ : Kaufmann, 1600. Edition: Octava vox. OCLC: 314296648 (Includes works by several others) ==Manuscripts==