Vytautas Merkys' principal works focus on Lithuanian 19th-century and early 20th century history, especially the
Lithuanian national revival,
the Lithuanian book smuggling movement during the
ban on the Lithuanian press, the work of the 19th-century historian
Simonas Daukantas, and the life of the 19th-century bishop
Motiejus Valančius. • V. Merkys, Vilniaus darbininkų revoliucinis judėjimas 1905–1907 m. išvakarėse, Vilnius, 1957.V. Merkys, Lietuvos valstiečių ir žemės ūkio darbininkų judėjimas 1901–1904 m., Vilnius, 1959. • V. Merkys, Liudvikas Janavičius, Vilnius: Vaga, 1964. • V. Merkys, Narodnikai ir pirmieji marksistai Lietuvoje, Vilnius: Mintis, 1967. • V. Merkys, Dalevskių šeima, Vilnius: Vaga, 1967. • J. Jurginis, V. Merkys, A. Tautavičius, Vilniaus miesto istorija nuo seniausių laikų iki Spalio revoliucijos, Vilnius: Mintis, 1968, (Lietuvos SSR valstybinė premija, 1969). • В. Меркис, Развитие промышленности и формирование пролетариата в Литве в XIX в., Вильнюс: Минтис, 1969. • M. Valančius, Raštai, t. 2: Žemaičių vyskupystė, parengė V. Merkys, Vilnius, 1972. • S. Daukantas, Raštai, t. 1–2, sudarė V. Merkys, Vilnius, 1976. • V. Merkys, Nelegalioji lietuvių spauda kapitalizmo laikotarpiu (ligi 1904 m.). Politinės jos susikūrimo aplinkybės, Vilnius: Mokslas, 1978. • V. Merkys, Lietuvos valstiečiai ir spauda XIX a. pabaigoje – XX a. pradžioje, Vilnius, 1982. • Lietuvos TSR istorija, t. 1 Nuo seniausių laikų iki 1917 metų, red. kol. B. Vaitkevičius, M. Jučas, V. Merkys, Vilnius: Mokslas, 1985. • V. Merkys, L. Mulevičius, R. Vėbra, E. Vidmantas, Lietuvių nacionalinio išsivadavimo judėjimas /ligi 1904 m./, Vilnius: Mokslas, 1987. • M. Jučas, I. Lukšaitė, V. Merkys, Lietuvos istorija: Nuo seniausių laikų iki 1917 metų, Vilnius: Mokslas, 1988. • V. Merkys, Simonas Daukantas, 2 papild. leid., Vilnius: Vyturys, 1991. • V. Merkys, Knygnešių laikai. 1864–1904, Vilnius: Valstybinis leidybos centras, 1994. • V. Merkys, . 1864–1904: Informacinė knyga, Vilnius: Mokslo ir enciklopedijų leidykla, 1994. • V. Merkys, Motiejus Valančius: tarp katalikiškojo universalizmo ir tautiškumo, Vilnius: Mintis, 1999. • V. Merkys, Tautiniai santykiai Vilniaus vyskupijoje 1798–1918 m.: Vilnius: Versus Aureus, 2006. ==Footnotes==